Режиссер Роман Качанов был известен своими кукольными мультфильмами про Незнайку, крокодила Гену и Чебурашку. Рисованная «Тайна третьей планеты» стала для него экспериментом. Фильм оказался настоящим хитом, но отнял все силы у режиссера. Именно во время его производства Качанов почувствовал первые признаки болезни Паркинсона, впоследствии лишившей его возможности работать